Entre las bacterias que comúnmente contaminan los ambientes, y que se controlan mediante el OZONO, se encuentran familias tales como: Pseudomonas, Flavobacterium, Streptococcus, Legionella, etc., y entre los hongos, muchos pertenecen a los géneros Candida Aspergillus (A. Niger, A. Fumigatus).
En el caso particular de los hongos y bacterias causantes de degradación de los tejidos vegetales, el OZONO es también efectivo contra las esporas de aquellos que se propagan y reproducen por ésta vía. Se conoce que las mencionadas esporas son muy resistentes, cuando las condiciones les resultan adversas, y pueden permanecer largo tiempo en estado latente, trasladándose de lugar a través del aire u otros medios, hasta encontrar nuevamente condiciones de temperatura y humedad propicias, en cuyo caso darán lugar a una nueva infección. Es por ello que las infecciones por microorganismos esporulados son extremadamente difíciles de erradicar por otros agentes, y en tales casos el OZONO brinda una protección muy eficaz.
El tratamiento del aire con OZONO es uno de los agentes más efectivos en la eliminación o reducción del ataque de los microorganismos, pues su acción destruye no sólo al microorganismo en sí, sino también sus esporas, evitando su propagación. Los ambientes ozonizados reducen notablemente, o eliminan, la presencia de microorganismos y esporas en los locales, dependiendo de las concentraciones de OZONO empleadas, acorde a las condiciones y régimen de uso de los mismos.
En la esfera de la conservación de plantas y flores, la ozonización del ambiente en los locales de almacenamiento resulta una medida sanitaria de gran utilidad para mejorar la oxigenación del producto y reducir o evitar la contaminación microbiana, todo lo cual contribuye a incrementar los tiempos de conservación y reducir el deterioro de la calidad.